인증농장의 사후관리를 위해서는 검역본부와 지자체에서 1회/년 이상 출입검사 실시하며, 동물복지 축산물의 판매장․취급장에 대한 표시조사의 경우도 시군별 1회/년 이상 실시한다.

전 축종에 공통으로 적용되는 인증 일반기준에서 “시설환경”의 경우 축산업 허가 또는 가축사육업 등록 농장, 농장 전체를 동물복지 인증기준에 따른 관리·운영(부분 인증 불가), 일반(관행) 사육 방법을 병행하지 않는 농가, 추가인증의 경우 동물복지 자유방목 등이 해당된다. “관리자의 의무”사항은 사육하고 있는 동물의 복지와 관련된 법·규정 및 관리방법(급이, 급수, 환기, 보온, 질병 등)에 대한 지식을 갖추어야 하고, 적절한 사양관리로 동물의 불필요한 질병예방과 스트레스의 최소화 및 동물의 인도적 취급을 통해 질병예방과 건강유지를 위해 노력하여야 한다. 또한 동물복지 규정과 사양관리방법 등에 대한 정기교육(온라인 교육 포함)을 매년 4시간 이상 수료해야 되며, 인증심사를 위하여 검역본부에서 요구하는 정보의 제공해야 된다. 끝으로 “가축의 입식 및 관리”의 경우 입식 동물은 동물복지 인증 축산농장에서 사육된 동물이어야 하며(단, 축종별로 검역본부장이 고시하는 경우 일반 농장에서 입식 가능), 산란계는 입식 후 2개월 이상 사육해야 동물복지 축산농장 표시 가능하다. 또한, 농장 내 동물은 활기가 있고, 털에 윤기가 나며, 걸음걸이가 활발하고, 사료와 물의 섭취 행동에 활력이 있어야 할 뿐만 아니라, 사료 및 음수에 항생제 등 동물용의약품 첨가를 금지하고 있다. 단, 질병발생 시 수의사 처방 및 감독 하에 치료용 동물용의약품 사용 가능하며, 해당 약품 휴약 기간의 2배가 지난 후 축산물에 동물복지 축산농장 표시 가능하게 되어 있다.